El Instituto Intercultural Ñöñho es una asociación civil integrada por:
- Consejo de Educación Superior de la Provincia Mexicana de la Compañía de Jesús
- Grupo Jade
- Asunción San Ilde
- Unión de Cooperativas Ñöñho de San Ildefonso.

Su Junta de Gobierno está formada por representantes de estas asociaciones y expertos en educación e interculturalidad.